大乾王朝和太阳神宫大战在即。为了救出被太阳神宫当做女娲魂之碎片带走的小柔，古海决定韬光养晦，积攒人力和财力。此时恰逢大乾王朝神机营统帅李浩然巡查各地，古海得罪李浩然，被贬为斥候，前往恶人谷调查案件。查

小柔为救古海身受重伤陷入昏迷，前有九公子步步紧逼，后有陈两仪大明王神黄雀在后。先天残局界摇摇欲坠，未生人突然出场。主角一行人能否救醒小柔，完成龙婉清寻人的任务，成功逃离先天残局界。

第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。