三原火山爆发时弄醒了沉睡的哥斯拉，牠为了补充能源，先後袭击了一艘日本渔船及苏联的潜航舰。日本政府反对运用核武，皆因会连累无辜的市民蒙受死伤。于是出动超级火战机正面跟哥斯拉交锋。同时，林田博士亦发现了哥

幕府后期，日本史上相当有人气的其中一个团体，一方面也是令勤王志士们闻风丧胆的年轻集团－新选组。以局长近藤勇为主轴，日本的未来就寄托在他们身上，是描述贯彻自己的信念的幕末青春物语。

坂木真理子（泽口泰子 饰）是京都府警察法医学研究所（俗称加总研究所）的法医研究员，她是一群有着各种怪癖的研究人员，利用法医学、物理、化学等专门技术，并记录身份证明，描绘了一个人使用他的武器作为揭露事件真相的武器。