这次原创故事的时间线定在前作结局后的一年，因此在前作中因病去世的亚希子丈夫、竹野内丰饰演的宫本良一也将再次出现。亚希子再就业的一年后，时间是2019年的秋天，亚希子在大阪，美雪在东京，两人分居两地。亚

年少时，他们有一场美丽的邂逅，可命运却随后扼住这对不幸男女的咽喉，让他们背负着弑父杀母的罪恶在昼夜边缘徘徊……

三原火山爆发时弄醒了沉睡的哥斯拉，牠为了补充能源，先後袭击了一艘日本渔船及苏联的潜航舰。日本政府反对运用核武，皆因会连累无辜的市民蒙受死伤。于是出动超级火战机正面跟哥斯拉交锋。同时，林田博士亦发现了哥

故事讲述了拥有非凡语言天赋和好奇心的年轻人井岛苍太，为了调查身为翻译的父亲失踪的事件，从江户来到国际都市长崎。一场长崎独有的走私案件随之而来，而随着神秘男子小津雄星的出现，苍太被卷入了一场意想不到的阴