昭和五十五年的一桩密室谋杀案，由于上司急于升迁，所以最终草草结案，惟有警探笹垣润三（船越英一郎 饰）对此案不能释怀。多年后，当年嫌犯的女儿西本雪穗已改名唐泽雪穗（堀北真希 饰），并且过着与之前毫不相干

正准备获得帝都大学的物理学教授的汤川学（福山雅治 饰）是一名不折不扣的物理学怪才，思维异于常人。

调皮伶俐的少女与一（宮崎あおい 饰）生于人杰辈出的萨摩。适逢历史变革的动荡时代，经过长达两百多年的锁国，日本国内各方面早已出现僵化腐败的局面；而海外列强纷纷崛起，开始将触角伸向这个古老而神秘的国度。